दक्षिण सूडान का ध्वज दूसरे सूडानी गृह युद्ध को समाप्त करने वाले शांति समझौते के बाद अपनाया गया। इस झंडे का सर्वप्रथम सूडान पीपल्स लिबरेशन मूवमेंट के ध्वज के रूप में प्रयोग किया गया था।